黄河  自华山街道盖家沟入境，流向东北，由遥墙街道沙滩村出境，是历城北部重要客水资源。境内河道长31.21公里，宽一般1公里～2公里。1986—2007年，年平均流量420亿立方米，多年平均流量547.2立方米/秒，多年平均输沙量3.45亿吨。共有滩区7个，总面积1246.6公顷，其中耕地面积953.3公顷（老滩）。

玉符河  汇集锦绣、锦云、锦阳三川和泉泸河之水，经仲宫街道西汇入卧虎山水库，由水库下游4公里处（董家庄）出境，出库始称玉符河，《水经注》称之为玉水。均为山洪型河道，来水量集中于汛期。上游“三川”骨干河道，除特枯年外，常有基流。

锦绣川  在仲宫街道以东，位于“三川”最北，又称北川。源头有三，主源头是西营镇东部1.5公里佛峪东山下的盛泉，次源头是上降甘村梯子山下的洪泉，另一源头在夏家村。三源头于西营村附近汇流后，水势渐大，向西流经汪家场、云河、九曲村入锦绣川水库。出水库西流，经商家庄、刘家庄、邱家村在郭而庄与泉泸河水汇集，过仲宫大桥，入卧虎山水库。境内全长36公里，流域面积221.6平方公里，河道宽20米～300米不等，属常年性山洪河道。

锦阳川  在仲宫街道东南方向，位于锦绣川之南，又称南川。源头为柳埠街道黄巢水库，出黄巢水库后，流经窝铺村转向西北，经过岱密庵、槲疃村，在柳埠村与发源于长城岭、东北峪（李家塘峪）、亓城峪（卧龙池村）、西南峪（柴家庄）的四股水流相聚成川，水势大，经突泉、门牙村在仲宫街道大并渡口村西与锦云川汇合，入卧虎山水库。境内全长32公里，流域面积181.9平方公里，河道宽50米～220米不等，最大流量690立方米/秒。

锦云川  在仲宫街道南部，锦阳川西，又称西川、锦银川。源头在长城岭北仲宫街道高而办事处小核桃园村和南邱村，北流经南高而村入八达岭水库，出库后经邢家庄、汤家庄，在仲宫街道并渡口村，后流入锦阳川，汇合后入卧虎山水库。锦云川是三川中最短、流域面积最小的一条河流，境内全长16公里，流域面积55.2平方公里，河道平均宽度20米。

泉泸河  俗称泉泸峪，发源于市中区十六里河街道义和庄，流至涝坡庄折向西南，经历城区仲宫街道河圈村、东（西）泉泸、凤凰村、钱家庄在西郭而庄与锦绣川汇合，入卧虎山水库。境内全长20公里，流域面积60平方公里。上游建有泉泸水库，库容85.8万立方米。

小清河  发源于济南市“四大泉群”（趵突泉、五龙潭、黑虎泉、珍珠泉），玉符河右岸睦里闸（属槐荫区）分流之水为其辅助水源。自全福街道北全福庄流入境内，蜿蜒曲折向东北流经华山、王舍人、遥墙、唐王4个街道（镇），从唐王镇井家村东出境流入章丘区。境内全长33.8公里，流域面积825.16平方公里。

巨野河  古称巨合水、巨冶河，发源于彩石街道玉河泉和老树峪两地，汇流于狼猫山水库，水经孙村街道抬头河村东出境，入章丘区杜张水库，是一条古老的山洪河道。境内全长48.5公里，流域面积111.2平方公里。

杨家河  又名杨家石河，因流经董家街道杨庄而得名。发源于彩石街道小龙堂村北，流经许家庄、流海庄，过胶济铁路北流，又经杨家庄、院后、四风闸村，在遥墙街道王家河东村东入小清河。是一条季节性区间排水河道。境内全长16公里，流域面积74平方公里。

土河  又名洪沟，发源于港沟街道邢村，是一条排泄田间积水的季节性河道，河口宽阔、河底狭窄，过董家街道姚家村后，几无河形。境内全长20公里，流域面积38.5平方公里。

刘公河  又名鲁公河，发源于港沟街道长海套村和里子村的两个泉眼，河道经过冶河村后，进入蟠龙水库，出水库北流，经章锦村入神武水库，再北流穿过胶济铁路，过四风闸在遥墙街道鸭旺口村注入巨野河，流入小清河。境内全长30.7公里，流域面积60.7平方公里。

石河  又名韩仓河，发源于港沟街道与锦绣川交界处的麒麟山，向北流经燕棚水库、港沟水库，过经十东路，再穿胶济铁路，由王舍人街道曲家庄入小清河。境内全长27.2公里，流域面积89.7平方公里。

大辛河  又名大辛石河，发源于市中区村东猪耳顶，与马蹄峪、黑峪、虎峪、龙洞西峪、陈家峪、老石峪等九条山峪之水汇集而成，经历下区石河岭村、历城区西周家庄、过胶济铁路、由王舍人街道大辛庄入小清河。该河为季节性山洪河道，经十东路以北为城市排污河道。境内全长21公里，流域面积44.71平方公里。

赵王河  发源于王舍人街道的曲家村，流向东北，在董家街道的曹官庄汇入刘公河，境内全长7.9公里。

其他支流  有龙脊河、张马河、华山排水沟、遥墙排水沟、全福河等。